腦病科是集醫療、教學、科研于一體的蘇州市中醫臨床重點科室。科室設有腦病+康復病房、腦病專家專科門診以及帕金森病、卒中、失眠、頭暈頭痛專病門診。擁有腦電地形圖儀、肌電圖診斷儀、多參數生命體征監護儀、中低頻脈沖電治療儀、空氣液壓力循環治療儀、康復治療儀、高壓氧倉先進設備，并共享128排飛利浦多排螺旋CT、1.5T西門子核磁共振（MRI）、飛利浦數字減影血管造影儀（DSA）大型設備。共有腦病科床位46張，康復科床位15張。
科室注重人才培養,近年來多名年輕醫師至上海、蘇州、南京等多家知名醫院師從專業名師學習。科室目前擁有太倉名醫、主任醫師1名, 蘇州市名中西醫結醫師、副主任醫師1名，主任中醫師1人，副主任（中）醫師3名,主治（中）醫師6名,住院中醫師3名。本科學歷4名,擁有碩士6名,在讀博士1名，人才梯隊合理，技術力量雄厚。太倉市名醫萬偉祖為科室學術顧問，蘇州市名中西醫結醫師葛友慶為學術帶頭人，科主任袁磊、科副主任聞瑛為學科帶頭人。近年來先后承擔蘇州市級課題6項，太倉市級課題8項，發表科研論文20余篇，獲得江蘇省中醫藥科學技術三等獎1項，蘇州市中西醫科學技術三等獎、蘇州市吳門中醫藥科學技術三等獎各1項，太倉市科技進步三等獎1項，太倉市醫學新技術引進二等獎3項、三等獎5項，太倉市優秀自然科學論文三等獎1項。承擔南京中醫藥大學、安徽中醫藥大學、山東中醫藥大學的臨床帶教工作，多次榮獲“優秀帶教科室”榮譽稱號。
腦病科擅長運用中醫、中西醫結合治療兼康復神經系統疾病，腦血管疾病、癲癇、帕金森病、三叉神經痛、面神經炎、面肌痙攣、重癥肌無力、睡眠障礙、焦慮抑郁狀態均有較豐富經驗，中醫特色治療多獲明顯臨床療效。經過長期臨床實踐，對急性腦梗塞采取超早期靜脈溶栓、動脈溶栓、取栓血管再通治療，明顯提高了臨床療效。成功引進并常規開展神經介入新技術（腦血管造影術、動脈溶栓取栓術、顱內外支架成形術），結合中藥內服、外敷及個體化治療，療效明顯。突出傳統中醫特色療法，特別在腦血管病的診治、康復、預防逐漸形成了特色和優勢。連續3年獲得艾力彼醫院管理研究中心發布“中國中醫醫院·最佳專科”稱號，2019建成中國卒中學會綜合卒中中心，2021年通過蘇州市卒中中心評審，并獲評蘇州市中醫臨床重點專科。